Корнеплоды моркови хранят в овощехранилищах и погребах насыпью, в штабелях и пирамидах, ящиках, полиэтиленовых мешках, а также в ямах и траншеях. Главное в период хранения это поддержание температуры в пределах 1-2 °С и относительной влажности воздуха на уровне 90-95 %. При меньшей относительной влажности корнеплоды теряют влагу и плохо хранятся. При хранении в овощехранилищах или подвалах их укладывают в штабеля или пирамиды корнями внутрь, каждый ряд пересыпая влажным речным песком слоем 1-2 см. Высота штабеля 80-100 см. При хранении в овощехранилищах осенью
иногда корнеплоды сверху мокреют и загнивают. Чтобы предотвратить такое явление, хранилище необходимо хорошо проветривать или укрывать морковь матами, мешковиной. Чтобы не допустить увядания корнеплодов, в хранилищах устанавливают посуду с водой, которой время от времени поливают пол (проходы) для повышения влажности. При хранении моркови в ящиках на дно насыпают влажный песок (23 см), укладывают корнеплоды рядами и им же пересыпают. Хорошие результаты получают при хранении моркови в полиэтиленовых мешках емкостью 20-25 кг (мешков не завязывают). Для улучшения хранения иногда корнеплоды обмакивают в сметано-образную болтушку из глины и после подсыхания укладывают в ящики или штабеля. Морковь хорошо хранится в ямах и траншеях глубиной и шириной 50- 60 см с переслойкой влажным песком или землей. Под траншеи или ямы отводят место, незатапливаемое весенними водами. Уложенные в них корнеплоды укрывают землей слоем 15-20 см так, чтобы ее уровень превышал края траншеи на 7-10 см. С похолоданием слой почвы увеличивают до 50 см.
